IPv6 сам по себе не имеет мер безопасности, это просто другая форма адресации. Но в стандарт встроены возможности поддержки защиты. Например, там есть IPSec. Подробности об IPv6 есть на

http://www.bieringer.de/linux/IPv6. Linux сейчас уже поддерживает IPv6 в полном объеме (одна из немногих OS, которые могут этим похвалиться).