Дезинфекция
Резервируйтесь и присматривайте за всем подозрительным в системе. Если кто-то получил root-доступ, он может устроить многое, от троянца в gcc/egcs до загузки интересных модулей ядра. Не ставьте неизвестный софт как root. Проверяйте PGP-сигнатуры загружвемых файлов.
Самый простой метод для пресечения вирусов: использовать инструментальные средства целостности системы типа tripwire, L5 и Gog&Magog, Вы сможете легко узнать какие файлы были изменены и восстановить их. Имеется также много антивирусных сканеров, доступных для Linux (но вообще говоря, не имеется Linux-вирусов).
